・1点目、npm、node、nadesiko3のバージョンが最新かどうか。
$　npm　list　--depth=0　-g
　　/usr/local/lib
　　|-n@7.0.1
　　|-nadesiko3@3.1.18
　　|-nodejs@0.0.0
　　|-npm@5.6.0

$　node　--version
　　v.9.11.2
(n --latestした結果が9.11.2です)

・2点目、nako3editが正しくインストールされているか。
　　　/usr/local/bin/nako3edit

・3点目、cnako3とindex.nako3のモジュールが正しくインストールされているか。
　　　nako3editの中身を同じようにしました
　　　$　cnako3　で
　/usr/local/lib/node_modules/nadesiko3/fs-extra/lib/mkdirs/make-dir.js:85
　}　catch　{

SyntaxError: Unexpected token {
   at new Script (vm.js:51:7)
   at createScript (vm.js:136:10)
   at Object.runInThisContext (vm.js:197:10)
   at Module._compile (internal/modules/cjs/loader.js:618:28)
   at Object.Module._extensions..js (internal/modules/cjs/loader.js:665:10)
   at Module.load (internal/modules/cjs/loader.js:566:32)
   at tryModuleLoad (internal/modules/cjs/loader.js:506:12)
   at Function.Module._load (internal/modules/cjs/loader.js:498:3)
   at Module.require (internal/modules/cjs/loader.js:598:17)
   at require (internal/modules/cjs/helpers.js:11:18)

となります

nako3editしても改行されるだけでエラーログは出ません