■本文始まり■
ストリームで処理する場合の定番としては、
・ブロックサイズ(１回の読み書きのサイズ）を決める
・ブロックサイズ分のメモリを確保（文字列変数に確保する）
・ストリームを開く
・ストリームからブロックサイズ分読む
・必要ならば、読み込んだ内容を加工する
・読み込めて処理したサイズ分、ストリームに書き込む
・以上、ストリームから読めなくなるまで繰り返す
・ストリームを閉じる

です。
加工内容にもよりますが、１バイトづつ処理するか、４バイト単位で処理するか、になります。
（バイト単位で前のデータに依存するなら、バイト単位、依存しないならば、４バイトづつ　とか）
また、ブロックサイズで読み書きする場合と、４バイト単位で処理する場合のどちらの場合も
ですが、端数のデータをどうするかを考慮してプログラミングする必要があります。
が、それに見合うだけ、処理性能は上がるはずです（なので、定番となる）

■本文終わり■


1ブロック1024バイトにしてやってみました。
1回のバイナリ取得は「INT」で4バイト。
残りがブロックサイズ未満になったら1バイトずつ処理(プログラム簡略のため)

早くなった気がします。

～上略～
　ブロックサイズは1024
　1でループ
　　　pos=h1のファイルストリーム位置取得
　　　もしsize<=posならば、抜ける
　　　もしsize-ブロックサイズ>posならば
　　　　　bin=h1でブロックサイズをファイルストリーム読む
　　　　　ブロックサイズ/4 回
　　　　　　　r=1+(回数-1)*4　//取得・書き込み先　1,5,9,13…
　　　　　　　val=binのrを「INT」でバイナリ取得
　　　　　　　val=XOR(val,$FFFFFFFF)
　　　　　　　valをbinのrに「INT」でバイナリ設定
　　　　　h2でbinをファイルストリーム書く
　　　違えば
　　　　　bin=h1で1をファイルストリーム読む
　　　　　1回
　　　　　　　val=binの1を「BYTE」でバイナリ取得
　　　　　　　val=XOR(val,$FF)
　　　　　　　valをbinの1に「BYTE」でバイナリ設定
　　　　　h2でbinをファイルストリーム書く
～以下略～


INTって4バイト？　本当？　決め打ちでよい？　一度にもっとたくさん取れない？
XORも$FFFFFFFFFFFFFFFFとやればいいんじゃないの？
などの疑問はあるのでもうちょっとコメント待ちしてみます。