おっと、でたでた。同じエラー再現した～☆
　設定ファイルの文字コードをUTF-8にしてみたら、なりました！
　とゆうわけで、原因はまさしくご推察どうり、文字コードなんじゃないでしょうか。
　なでしこの文字コードはSJISなので、ファイルの文字コードはSJISにしておく必要があります。
　わたしのとこでは、拡張子がtxtでもnakoでも、文字コードがSJISなら大丈夫でしたし、文字コードがUTF-8だったばあいは、txtでもnakoでも同じエラーになりましたよ。
　拡張子のみを変えたと言っても、うまくいった「設定お試し.nako」をtxtにリネームしたんじゃなくて、エディタかなんかで新規作成したのにコピペして保存されたんじゃないでしょうか？
　もし・・・そちらの環境ではSJISで保存しててもnakoならうまく行ってtxtだとエラーになっちゃうとゆうことであれば・・・あきらめてnakoにしておきましょう（え；）
　拡張子がtxtでも取り込めますっていうのは別に公式のアレでは無く、ワタシがどうなのかしらとお試ししてみたところ、うちではマッタク問題なく取り込めたので、できるよ～☆　といっただけなので・・・

補足
　取り込んだ設定ファイルの中では{デスクトップ}使えます。
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!ファイルA＝「{デスクトップ}\なでしこ色見本.xlsx」　
!ファイルA保存＝「{デスクトップ}\scan\なでしこ色見本2.xlsx」　
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　って書けますよ☆