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「Qiita用に変換」のボタン作成をしてまいりました。
preタグの有無フラグっぽい感じじゃなくなってきたので変数やらを変更。

PREタグ有チェックを、「文中ニ貼ル用チェック」に変更（動作は反転）
修飾ルール＠「preタグ」を、修飾ルール＠「長文用」に変更（内容もpre+codeに変更）
修飾ルール＠「codeタグ」を、修飾ルール＠「文中用」に変更

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　もしモードが「Qiita」ならば
　　　修飾ルール＠「長文用」=[『<blockquote>』,『</blockquote>』]//ブロック
　　　修飾ルール＠「文中用」=[『<code>』,『</code>』]//codeのみ
　　　～中略～
　違えば
　　　修飾ルール＠「長文用」=[『<pre style="background-color:#FFEEFF"><code>』,『</code></pre>』]//ブロック
　　　修飾ルール＠「文中用」=[『<code>』,『</code>』]//codeのみ
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　文中ニ貼ル用チェックの「checked」をDOM属性取得
　もしそれがオフならば
　　　変数　[前タグ,後タグ]=修飾ルール＠「長文用」//pre+codeタグやBLOCKQUOTEタグ
　　　html=「{前タグ}{html}{後タグ}」
　違えば
　　　変数　[前タグ,後タグ]=修飾ルール＠「文中用」//codeのみ
　　　html=「{前タグ}{html}{後タグ}」
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まだまだ変えるかもしれませんがひとまずこれで。


> 日数＝１#日
> みたいにコメントがスペース無く前のコードにくっついていた場合にコメントが正しく認識されません。

なおしました！　ありがとうございます。
他にも文法の抜けはありそう