試せる状況にないのですが、プランを2つ用意してみました

・プランA
　タイマーにタイムアウトをやってもらう
　（経過ダイアログがでていてもタイマーが動作するかは不明）
・プランB
　ダウンロードするプログラムと10分ごとに起動するプログラムに分ける

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//プランA
中断フラグは0
中断タイマーとはタイマー
中断タイマーの値は（タイムアウト時間）
中断タイマーの時満ちた時は
　　中断タイマーを停止
　　「経過」に『{ESC}』をキー送信　//経過ダイアログの閉じるボタンをポチる
　　中断フラグは1

真の間
　　中断フラグは0
　　中断タイマーを開始
　　AをBへFTPダウンロード
　　中断タイマーを停止
　　もし中断フラグならば「失敗時の処理」
　　10*60秒待つ

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//プランB　nakoファイルを2つ用意
//FTPダウンロード.nako
　　母艦のタイトルは「＠FTPダウンロード＠」
　　AをBへFTPダウンロード
　　終わり

//十分毎.nako
真の間
　　「＠FTPダウンロード＠」を窓ハンドル検索　//フリーズしている窓が
　　もしそうならばそれへ『%{F4}』を窓ハンドルキー送信　//あれば閉じる
　　「FTPダウンロード.nako」を起動
　　10*60秒待つ
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（細かい部分は適当です）