こんにちは！

サンプルで試してみました。
普通に入りますし、エラーが出ないのですがどのようなデータでどのような環境で作業をされているのでしょうか？

■本文始まり■
「{デスクトップ}テスト.db」をSQLITE3開く
「drop table if exists test」をSQLITE3実行
「create table test (id integer primary key, value text)」をSQLITE3実行
「insert into test (value) values ("abcd")」をSQLITE3実行
SQLITE3今挿入したIDを表示
「insert into test (value) values ("12,34")」をSQLITE3実行
SQLITE3今挿入したIDを表示
「insert into test (value) values ('56,78')」をSQLITE3実行
SQLITE3今挿入したIDを表示
「select * from test」をSQLITE3実行。
表示。
■本文終わり■