スクリプトタグでwnakoを取り込んだ元のHTML内になでしこのコードを書くのではなく、別途nako3ファイルとして保存したファイルを取り込んで実行させたいということですよね？
今は、HTML埋め込みでも「取り込む」文が使えるようになりましたよ☆

scriptタグで鯖上のwnako.jsを取ってきて、html上のtype="なでしこ"のscriptを実行する。　

この、type="なでしこ"のscriptの中に、

!「実行したいなでしこファイル.nako3」を取り込む。

とすれば、動きますですよ☆
ただし、これは取り込むnako3がサーバー上にないとクロスオリジンのエラー出ますので、ローカル環境で実行する際には簡易サーバーを立てる必要があります。